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天津大学乔建军/吴胜波等：膳食多酚靶向群体感应，阻断病原菌通讯网络

针对耐药病原菌群体感应干预需求，整合图神经网络从超7000种植物化学物中筛选并多层级解析膳食多酚靶向自诱导分子-2（AI-2）通路的机制。

赵文婧/唐啸宇/牟相宇等Nature：拟杆菌如何保护心血管？关键代谢物被锁定

针对拟杆菌属减少与动脉粥样硬化相关但分子机制不明的问题，结合宏基因组分析、Apoe−/−小鼠模型与活性导向分离，解析单形拟杆菌的抗动脉粥样硬化机制。

医科院放射所樊赛军/丁旭东等：牛磺酸防辐射护肠道，男女机制大不同

针对放射性肠损伤缺乏安全防护剂的问题，利用小鼠全腹照射模型结合多组学解析了牛磺酸介导肠道保护的性别差异机制。

海南大学张家超/沈思源等Cell子刊：减毒增效，益生菌LGG代谢物助攻肺癌靶向治疗

针对吉非替尼治疗非小细胞肺癌伴随的胃肠道及肝毒性问题，利用益生菌筛选、多组学分析及人源肠-肝-肿瘤类器官芯片探索了微生物干预策略。

港中大张翔团队Cell Metab：脂肪肝癌变新推手，真菌代谢物如何促癌？

针对MASLD向HCC进展机制不清的问题，整合小鼠多模型、人源细胞及三个人群队列系统解析肠道真菌的作用。

中科院亚热带生态所周锡红/胡竑等：丁酸梭菌投递小RNA，抑制肠道脂肪吸收

针对微生物调控脂质代谢的非代谢物机制尚不清楚的问题，利用仔猪、小鼠及肠道类器官，探究丁酸梭菌（Clostridium butyricum）及其细胞外囊泡的作用。

仁济医院洪洁团队Nature子刊：两种“坏”菌互作驱动持久肠道动力障碍，益生菌或可破局

针对产肠毒素脆弱拟杆菌（ETBF）定植后肠动力障碍持续存在的机制不明问题，利用小鼠模型及多组学分析解析了细菌互作驱动的神经损伤通路。

南方医院王高峰团队Cell子刊：靶向皮肤微生态干预银屑病的新路径

针对银屑病皮损区菌群失调及角质形成细胞异常死亡的问题，利用多组学技术结合小鼠模型解析了共生菌群在皮肤屏障修复中的作用。

华科大宁康/韩瑾NC：从晚期腐败推演早期轨迹，AI让尸体微生物组开口说话

针对尸体微生物组采样稀疏及跨部位泛化性差的问题，开发了基于Transformer架构的迁移学习框架mHolmes，利用34具人类尸体面部与髋部21天的纵向数据进行训练。

西农刘志刚/郭瑞等：肠脑轴新发现，吲哚乙酸或成孤独症治疗关键

针对孤独症谱系障碍中微生物色氨酸氧化通路受损问题，利用多组学及光纤记录技术，在小鼠模型中评估了合生元干预的疗效。

南京大学王婷婷/赵越等Cell Metab：二甲双胍降糖效果不佳？一种肠菌酶或是元凶

针对2型糖尿病患者二甲双胍疗效差异，整合临床队列、无菌小鼠粪菌移植与结构生物学探究肠道菌群的药物代谢机制。

中日友好医院曹彬/邹晓辉：揭秘口腔与气道菌群，超9.9万个高质量基因组指引新方向

整合公共与新增宏基因组及分离株数据，构建包含99215个高质量基因组的口腔与气道原核生物基因组目录（OAPGC），依据门特异性平均核苷酸一致性（ANI）聚为2474个物种簇。

仁济医院周磊/林青霞等Science：新机制，成纤维细胞如何调控免疫抗肠炎？

针对炎症性肠病免疫调控机制不明的问题，整合单细胞转录组、患者样本及小鼠模型解析肠道微环境互作网络。

复旦肿瘤医院马延磊/孔程等：迟缓埃格特菌如何撕开血管屏障，驱动肠癌肝转移？

针对结直肠癌肝转移中肠血管屏障受损机制不明的问题，整合患者队列、无菌小鼠及人肠微血管内皮细胞开展多组学与功能分析。

中科大朱书团队：肠上皮细胞化身免疫导师，阻断食物过敏

针对口服耐受机制不明问题，结合饮食干预、肠上皮细胞特异性MHCII敲除及单细胞测序分析了小鼠模型。

江南大学翟齐啸团队：吃对食物拯救受损肠道菌群（综述）

已公认抗生素不仅降低肠道菌群多样性，更持久破坏短链脂肪酸、次级胆汁酸及吲哚-3-丙酸等代谢网络，进而增加慢性疾病易感性。

北大汪锴团队GUT：肠道天然菌株化身“微型药厂”，持续缓释治疗分子

针对工程菌肠道定植率低的问题，从野生小鼠肠道筛选出可单次口服终身定植的天然大肠杆菌MEc30，并敲除潜在毒力基因clb和irp以消除基因毒性与铁攫取风险。

湘雅三医院陈杰团队：超加工食品“偷走”保护性代谢物，增加克罗恩病风险

针对超加工食品增加克罗恩病风险的机制空白，整合多队列数据结合代谢组学与孟德尔随机化解析潜在通路。

清华大学程功/王毛等Cell Research：营养不良改变皮肤菌群，释放气味更招蚊子

营养不良与蚊媒疾病高发区重合，在营养不良小鼠和人类志愿者中结合行为学与多组学，解析蚊虫趋性机制。

浙大汪海峰/唐文杰等Cell子刊：果胶让肠菌“换装”指挥免疫抵御肠炎

针对膳食纤维如何驱动菌株特异性IgA应答的机制空白，利用无菌及特定无病原体小鼠定植单形拟杆菌野生型与ΔrcsC突变株，整合脂质组学及空间成像解析通路。